Symptomer ved glutenallergi kan variere fra person til person. Noen kan ha svært opplagte symptomer, mens andre ikke oppdager det før de i voksen alder får påvist benskjørhet. Siden det er såpass mange symptomer og at de ofte ligner symptomer andre sykdommer gir er ofte ikke glutenallergi det første legen tenker på når pasienter oppgir sine plager.
Vanlige syptomer kan være:
periodevis eller langvarig diaré, langvarig forstoppelse, luftansamlinger i magen, oppblåsthet, kronisk jern- og vitaminmangel, mistrivsel, tretthet, energiløs uforklarlige magesmerter, benskjørhet, manglende vektøkning eller vekttap, emaljeskader på tenner og dårlig høydevekst (hos barn).